Bienvenidos 🙌
> Forest -Earth Series de Alice Shirley
En esta página encontrarán las presentaciones y los scripts para los ejercicios de modelos de ocupación de comunidades.
Es importante que sigan las instrucciones e instalen paquetes y adicionales previo al taller. De lo contrario muy probablemente se queden atrás.
Instalación de paquetes y programas adicionales
Rtools
Para instalar Rtools hay que ir a este enlace , escoger el Rtools dependiendo de la versión de R que tengas instalada. Descargar el archivo .exe la versión dependiendo de si el computador es de 64 o 32 bits. Abrir el archivo descargado e instalar como cualquier otro programa.
Paquetes de R
Usen el siguiente código en R para instalar los paquetes necesarios.
install.packages(c("DiversityOccupancy", # Diversidad y ocupación
"tidyverse", # Manejo de datos y gráficas
"hillR", # Perfiles de diversidad
"ggeffects", #Gráficos de glms
"beepr", #opcional
"tictoc", #opcional
"SpadeR", # Riqueza de especies
"bayesplot", # gráficos bayesianos
"snowfall"
))
Versión de desarrollo de CamtrapR
# Requiere tener instalado la librería de remotes
remotes::install_github("jniedballa/camtrapR")
Instalar JAGS para los modelos con enfoque Bayesiano
Es necesario ir a esta página e instalar el programa siguiendo las instrucciones JAGS Una vez instalado JAGS podemos regresar a Rstudio e instalar rjags
install.packages("rjags")
# Pueden instalar Nimble también
install.packages(c("nimble", "nimbleEcology"))
Presentación
Descarga scripts y bases de datos
Descargar todo el proyecto
Puedes descargar todo el proyecto de R, que contiene el proyecto de R, scripts, archivos Rmarkdown y presentación. Pica en el boton de descargar proyecto, y extrae el archivo .zip donde lo desees.
Descargar scripts y bases de datos por separado
Puedes descargar los scripts y bases por separado. Clic en el botón respectivo, se abrirá una ventana donde le puedes dar clic derecho (ctrl + s) y guardar como (save as).
- Aquí para la base de actividad de cámaras:
- Aquí la base de registro de especies
- Aquí las covariables
- Para descargar cada script, ir a la parte superior derecha del navegador, seleccionar el scripts, se abrirá una nueva página con el script con su correspondiente botón de descarga.
NOTA: Al descargarlos por separado es importante saber que tienes que cambiar la dirección de lectura en los scripts, dependiendo de donde guardas las bases de datos.
covars <- read.csv("carpeta donde guartaste covariables/covars.csv")
Bibliografía
Puedes descargar la bibliografía en el siguiente enlace
Adicional
Esta página esta hecha con el paquete distill package