FototrampeoR: Organización y análisis de datos de mamíferos medianos y grandes con datos de cámaras trampa

XV Congreso Nacional de Mastozoología, Chihuahua 2022

Autores
Afiliaciones

Posgrado, Instituto de Ecología A.C.

Red de Biología y Conservación de Vertebrados, Instituto de Ecología A.C.

Fecha de Publicación

13 de octubre de 2022

Bienvenidos

Hola a todos bienvenidos al curso pre-congreso de FototrampeoR: Organización y análisis de datos de mamíferos medianos y grandes con datos de cámaras trampa. En esta página encontrarán todas las instrucciones para llevar a cabo el curso.

Instrucciones

Instalar R y Rstudio

Todos los ejercicios del curso se desarrollarán en el lenguaje de programación R y usando la interfaz de Rstudio. Para varios paquetes es necesario tener instalado Rtools. Por último, también vamos a usar el programa DigiKam.

Para todos los detalles de como instalar el software por favor seguir la siguiente guía

Instalar paqueterías

Se espera que previo al curso instales las siguientes paqueterías

install.packages(c("overlap",
                   "tidyverse", # Easily Install and Load the 'Tidyverse'
                   "vegan", # Community Ecology Package
                   "ggrepel", # Automatically Position Non-Overlapping Text Labels with 'ggplot2'
                   "SpadeR", # Species-Richness Prediction and Diversity Estimation with R
                   "BiodiversityR", # Package for Community Ecology and Suitability Analysis
                   "iNEXT", # Interpolation and Extrapolation for Species Diversity
                   "hillR", # Diversity Through Hill Numbers
                   "MuMIn", # Multi-Model Inference
                   "DHARMa", # Residual Diagnostics for Hierarchical (Multi-Level / Mixed", Regression Models
                   "camtrapR", # Camera Trap Data Management and Preparation of Occupancy and Spatial Capture-Recapture Analyses
                   "leaflet", # Create Interactive Web Maps with the JavaScript 'Leaflet' Library
                   "sp", # Classes and Methods for Spatial Data
                   "ggtext", # Improved Text Rendering Support for 'ggplot2'
                   "AICcmodavg", # Model Selection and Multimodel Inference Based on (Q",AIC(c",
                   "broom", # Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles
                   "ggeffects", # Create Tidy Data Frames of Marginal Effects for 'ggplot' from Model Outputs
                   "performance" # Assessment of Regression Models Performance
))

Descargar proyectos y archivos

Aquí encontrarás los archivos comprimidos necesarios para cada uno de los temas que vamos a ver. Por favor dar click en el botón y descomprimir cada proyecto en su respectiva carpeta de trabajo.

Día 1

  1. Introducción al diseño de muestreo en estudios de cámaras trampa [ ]

  2. Introducción a R (no requiere descargar proyecto)

  3. DigiKam para el etiquetado de fotos [ ]

  4. CamtrapR: organización y manejo de datos de cámaras trampa [ ]

Día 2

  1. Introducción al índice de abundancia relativa [ ]
  1. Introducción al análisis de diversidad [ ]
  1. Gráfica de radar para datos de actividad [ ]
  1. Análisis de actividad diaria [ ]